真空化妆品冻干机原料的工作流程：是把预先处理好化妆品溶液制剂或原料，装盘放入冻干机物料仓体进行预冻结晶（由制冷系统制冷），然后通过真空泵对冻干箱体抽真空，此时化妆品制剂物料的固态冰，在真空环境下开始直接升华为气体，为了化妆品冻干升华效率，通过化妆品冻干机加热系统提供所需的热量，在不影响冻干效果的情况下加速升华。整个冷冻干燥过程通过冷冻干燥机的PLC电控系统控制运行。
真空冻干化妆品原料工艺是通过制药型真空冷冻干燥机将需要干燥的制品在低温下（可达-70℃以下）使其所含的水分冻结，然后在真空的环境下干燥，让水分由固体状态直接升华为水蒸气并从制品中排除而使制品干燥。
冻干粉产品生产工艺跟一般液态单元是相同的，所用原料为水及水溶性原料，经完全溶解后配制成均匀的液体，灌装于西林瓶后经真空冷冻干燥，产品*终的物理状态由液体变成了冻干粉，是为了更好地保护产品的生物活性成分以及便于保存并延长保存期。